Die Klosterkirche ist das wichtigste Gebäude der Mönchsgemeinschaft. Mehrmals am Tage und mehrere Stunden in der Nacht versammeln sich die Mönche hier. Als Ort des Gebetes und des Gotteslobes erfährt sie besondere Aufmerksamkeit bei der Gestaltung. Fast alle Klosterkirchen der Zisterzienser besitzen eine Austrahlung und Würde, die dieser Bestimmung entsprechen. Harmonie und Sorgfalt beim Bau des Oratoriums spüren wir auch heute noch beim Besuch dieser Kirchen. Trotz ihrer imposante Größe waren sie tatsächlich nur für das Chorgebet der Brüder vorgesehen. Besucher durften allenfalls von der Vorhalle aus dem Gottesdienst folgen.

Einfachheit und Schmucklosigkeit waren ein besonderes Anliegen der Gründerväter des Ordens. Jeder Aufwand und Luxus war beim Bau der Kirchen von den Ordensstatuten verboten: Sie besitzen keine Türme, keine aufwendigen Fassaden und Choranlagen; es gibt keine bunten Glasfenster und auch kein Figurenschmuck. Nichts soll die Andacht in diesem Raum stören, alles soll auf Gebet hinlenken. Die Wände sind kahl und unverputzt. Die sonst übliche bunte Bemalung der Kirche ist bei den Zisterziensern verpönt, sie sind nicht einmal verputzt. Die Steine werden sorgfältig ausgewählt und behauen. Fenster und Lichteinfall werden genau bedacht, der Klang soll den Chorgesang fördern. Alle Proportionen weißen auf das himmlische Maß hin.

Erlaubt ist nur ein kleiner hölzerner Dachreiter. Er enthält nur eine kleine Gebetsglocke; sie lädt die Mönche zum Stundengebet ein. Es braucht keine Glocken, die die Gemeinde zum Gottesdienst einladen und auch keine Türme, die diese glocken tragen. Deshalb gibt es auch keine großen Portale im Westen mit aufwendigen Plastiken und Verzierungen. Nur die Mönche betreten diese Kirche, und das zumeist vom Kreuzgang her. Manchmal sparen die Baumeister sogar das Mittelportal aus (Le Thoronet, Senanque).

Diesen Bauprinzipien bleiben die Zisterzienser auch in späterer Zeit erstaunlich treu. Noch im Barock finden wir den gerade geschlossenen Chor aus der Anfangszeit (vgl. in Schöntal). Dekor und Ausstattung bleiben bescheiden. Immer stehen Schlichtheit und Funktionalität im Mittelpunkt. Einzig die Bedürfnisse der sich entwickelnden Mönchsgemeinschaft verlangen Anpassungen: so erfährt der einfache geschlossene Chor mit der Zeit eine Erweiterung im Umgangschor, ohne dabei in den Formen zu übertreiben (vgl. Pontigny oder Riddagshausen).

Nur gelegentlich übersteigt die Monumentalität der Anlage die gegebene Bescheidenheit. Klosterkathedralen wie in Altenberg oder Royaumont zeugen vom Versuch sich an fremden Vorbildern zu messen (Kölner Dom, St. Denis). Trotzdem zeugen auch hier die Bauschulen von Zurückhaltung.